Stratégie présentée par Capadoc, représentant STN International


PROBLEMATIQUE : Mettre en place une alerte hebdomadaire (littérature et brevets) sur les traitements du gliome (tumeur du cerveau). 

Cette alerte sera mise en place dans plusieurs banques de données qui contiennent de l'information biomédicale. Le but étant de disposer le plus rapidement de l'information, seront privilégiées les banques de données qui signalent les références en cours d'indexation (in-process). Ces références “in-process” sont signalées dans MEDLINE, EMBAL (Embase), CHEMICAL ABSTRACTS. 

La stratégie devra s'effectuer en langage naturel, d'où la nécessité d'identifier le maximum de synonymes. Des thesauri (listes hiérarchisées de descripteurs) sont disponibles dans ces banques de données ; ils constituent une source importante de synonymes. Sur STN, 80 banques de données disposent de thesauri.

Truc & astuce : Ces thesauri peuvent être visualisés, à moindre coût, dans les banques de données d'entraînement (fichiers échantillons disponibles pour Medline, Embase, Chemical Abstracts, Derwent Drug File)
           
Cette stratégie a été conçue par Martine MICHEL, Assistance Capadoc.
             
Connexion à LMEDLINE (learning file pour Medline), vérification de la présence du terme “Glioma” en tant que descripteur (Controlled Term)
            
=> FILE LMEDLINE
      
=> E GLIOMA/CT 5

E#   FREQUENCY    AT               TERM                      
           
E1       0         5         GLIOCLADIUM/CT
E2       0         2         GLIOCLADIUM VIRENS/CT
E3       22       41       --> GLIOMA/CT     
E4       0         2         GLIOMA DERIVED VASCULAR ENDOTHELIAL CELL GROWTH 
                                  FACTOR
                                    /CT
E5       0         2         GLIOMA, ASTROCYTIC/CT

=> E E3+NT,UF/CT

E6       22       -->       Glioma/CT
E7       51       MN      C4.557.465.625.600.380./CT
E8       51       MN       C4.557.470.670.380./CT
E9       51       MN      C4.557.580.625.600.380./CT
E10      0        UF       Glial Cell Tumor/CT
E11      0        UF       Glial Cell Tumors/CT
E12     0         UF       Glioma, Malignant/CT
E13     0         UF      Glioma, Mixed/CT
E14     0         UF      Gliomas/CT
E15     0         UF      Gliomas, Malignant/CT
E16     0         UF      Gliomas, Mixed/CT
E17     0         UF      Malignant Glioma/CT
E18     0         UF      Malignant Gliomas/CT
E19     0         UF       Mixed Glioma/CT
E20     0         UF      Mixed Gliomas/CT
E21     0         UF      Tumor, Glial Cell/CT
E22     0         UF      Tumors, Glial Cell/CT
E23    12      NT1      Astrocytoma/CT
E24   15       NT2      Glioblastoma/CT
E25     1        NT2     Optic Nerve Glioma/CT
E26     2        NT1     Ependymoma/CT
E27     0        NT2     Glioma, Subependymal/CT
E28     0        NT1     Ganglioglioma/CT
E29     0        NT1     Gliosarcoma/CT
E30     5        NT1     Medulloblastoma/CT
E31     4        NT1     Oligodendroglioma/CT
E32     1        NT1     Optic Nerve Glioma/CT
  
=>       QUE E6 OR E10 OR E21 OR E23-E24 OR E26 OR E28-E31
             
L1       QUE GLIOMA/CT OR "GLIAL CELL TUMOR"/CT OR "TUMOR, GLIAL CELL"/CT 
           OR (ASTRO CYTOMA/CT OR GLIOBLASTOMA/CT)
           OR EPENDYMOMA/CT OR (GANGLIOGLIOMA/CT OR GLIOSARCOMA/CT
           OR MEDULLOBLASTOMA/CT OR OLIGODENDROGLIOMA/CT)
             
Une démarche identique est effectuée dans LEMBASE, puis ZCAPLUS (Chemical Abstracts) et LDRUG (Derwent Drug file)    
            
=> FILE LEMBASE
            
=>       E GLIOMA+NT,UF/CT

            E33    18       -->       glioma/CT
            E34     0         UF      brain glioma/CT
            E35     0         UF      cerebral glioma/CT
            E36     0         UF      ganglioglioma/CT
            E37     0         UF      glia tumor/CT
            E38     0         UF      glial tumor/CT
            E39     0         NT1    ependymoblastoma/CT
            E40     2         NT1    ependymoma/CT
            E41    18        NT1    glioblastoma/CT
            E42    10        NT1    glioma cell/CT
            E43     0         NT1    gliosarcoma/CT
            E44     4         NT1    medulloblastoma/CT
            E45     0         NT1    oligodendroglioma/CT
            E46     0         NT1    optic nerve glioma/CT
            E47     0         NT1    subependymoma/CT

=> QUE E37 OR E39-E47

L2       QUE "GLIA TUMOR"/CT OR (EPENDYMOBLASTOMA/CT OR EPENDYMOMA/CT
           OR GLIOBLASTO MA/CT OR "GLIOMA CELL"/CT OR GLIOSARCOMA/CT OR 
           MEDULLOBLASTOMA/CT OR O LIGODENDROGLIOMA/CT OR "OPTIC NERVE 
           GLIOMA"/CT OR SUBEPENDYMOMA/CT)    

=> FILE ZCAPLUS

=> E GLIOMA+NT,UF/CT

PREFERRED TERMS ARE AVAILABLE FOR 'GLIOMA'

E48         13   -->  Glioma/CT
********** END **********

=> E E48+ALL
          
E49    13   -->      Glioma/CT
                            HNTE Valid heading during volumes 1-85 (1907-1976) only.

E50    11924        NEW  Neuroglia, neoplasm/CT

********** END **********

=> E E50+NT,UF/CT

E51     11924   --> Neuroglia, neoplasm/CT
E52       UF      Cerebral glioma/CT
E53       UF      Glial cell tumor/CT
E54       UF      Glial neoplasm/CT
E55       UF      Gliocytoma/CT
E56       UF      Gliomas/CT
E57       UF      Neuroglia neoplasm/CT
E58       UF      Neuroglia tumor/CT
E59       UF      Neuroglioma/CT
********** END **********

=> QUE E52-E59

L3       QUE ("CEREBRAL GLIOMA"/CT OR "GLIAL CELL TUMOR"/CT OR "GLIAL 
           NEOPLASM"/CT OR GLIOCYTOMA/CT OR GLIOMAS/CT OR "NEUROGLIA  
           NEOPLASM"/CT OR "NEUROGLI A TUMOR"/CT OR NEUROGLIOMA/CT)    

=> FILE LDRUG

=> E GLIOMA+NT,UF/CT

E60        28       -->       GLIOMA/CT

E61         3         NT1    C6-GLIAL-CELL/CT
E62         0         NT1    CG-GLIOMA/CT
E63         7         NT1    NG108-15-CELL/CT
E64         0         NT1    SF126-CELL/CT
E65         0         NT1    SF375-CELL/CT
E66         0         NT1    SF407-CELL/CT
********** END **********

=> QUE E63-E66

L4       QUE (NG108-15-CELL/CT OR SF126-CELL/CT OR SF375-CELL/CT OR SF407-
           CELL/CT)   

=> QUE L1-L4
             
L5       QUE (L1 OR L2 OR L3 OR L4)   
             
Chaque banque de données a permis d'identifier des termes spécifiques (en italique gras dans les listes).
             
=> D L5
             
L1       QUE  GLIOMA/CT OR GLIAL CELL TUMOR/CT OR TUMOR, GLIAL CELL/CT OR
           ASTROCYTOMA/CT OR GLIOBLASTOMA/CT OR EPENDYMOMA/CT OR
           GANGLIOGLIOMA/CT OR GLIOSARCOMA/CT OR MEDULLOBLASTOMA/CT OR 
           OLIGODENDROGLIOMA/CT
             
L2       QUE  GLIA TUMOR/CT OR EPENDYMOBLASTOMA/CT OR EPENDYMOMA/CT 
           OR GLIOBLASTOMA/CTOR GLIOMA CELL/CT OR GLIOSARCOMA/CT OR 
           MEDULLOBLASTOMA/CT OR OLIGODENDROGLIOMA/CT OR OPTIC NERVE 
           GLIOMA/CT OR SUBEPENDYMOMA/CT
             
L3       QUE  CEREBRAL GLIOMA/CT OR GLIAL CELL TUMOR/CT OR GLIAL 
           NEOPLASM/CT OR GLIOCYTOMA/CT OR GLIOMAS/CT OR NEUROGLIA 
           NEOPLASM/CT OR NEUROGLIA TUMOR/CT OR NEUROGLIOMA/CT
             
L4       QUE  (NG108-15-CELL/CT OR SF126-CELL/CT OR SF375-CELL/CT OR SF407-
           CELL/CT
             
L5        QUE  (L1 OR L2 OR L3 OR L4)
            
Une fois les termes sélectionnés, on peut créer la stratégie de recherche en langage naturel. Le mieux est de retravailler cette stratégie en local. Pendant ce temps, on “switche” vers la banque de données gratuite STNGUIDE.
             
=> FILE STNGUIDE
            
Les termes redondants sont éliminés ainsi que le code /CT (Controlled Term), puisque la recherche va se faire dans  l'index de base qui comprend les mots du titre, du résumé et les descripteurs.
              
Sur STN, plusieurs commandes SET permettent de paramétrer de manière automatique la recherche des singuliers/ pluriels (SET PLURALS ON) et des versions britanniques ou américaines des mots, par exemple TUMOR vs TUMOUR (SET SPELLING ON).
            
=> FILE MEDLINE HCAPLUS EMBAL EMBASE DDFU
             
La stratégie définitive est lancée dans 5 banques de données.
            
=> S GLIOMA OR GLIAL CELL(A)TUMOR OR ASTROCYTOMA OR GLIOBLASTOMA OR EPENDYMOMA OR GANGLIOGLIOMA OR GLIOSARCOMA OR MEDULLOBLASTOMA OR OLIGODENDROGLIOMA
             
L6       138516      GLIOMA OR GLIAL CELL(A) TUMOR OR ASTROCYTOMA OR 
                             GLIOBLASTOMA OR EPENDYMOMA OR GANGLIOGLIOMA OR 
                             GLIOSARCOMA OR MEDULLOBLASTOMA OR 
                             OLIGODENDROGLIOMA
            
 => S GLIA TUMOR OR EPENDYMOBLASTOMA OR SUBEPENDYMOMA
            
 L7       1303         GLIA TUMOR OR EPENDYMOBLASTOMA OR SUBEPENDYMOMA
              
=> S GLIAL NEOPLASM OR GLIOCYTOMA OR NEUROGLIA(A)(NEOPLASM OR TUMOR) OR NEUROGLIOMA OR NG108-15-CELL OR SF126-CELL OR SF375-CELL OR SF407-CELL
             
L8      16132          GLIAL NEOPLASM OR GLIOCYTOMA OR NEUROGLIA(A)
                              (NEOPLASM OR TUMOR) OR NEUROGLIOMAOR NG108-15-CELL 
                              OR SF126-CELL OR SF375-CELL OR SF407-CELL
             
=> S L6-L8

L9       140145       L6 OR L7 OR L8
            
 => S L9 (L)(TREATMENT OR THERAPY)
             
L10     50104          L9 (L)(TREATMENT OR THERAPY)
           
 => S L10 AND PY>2008
             
L11     1225            L10 AND PY>2008
             
L'élimination des doublons (DUPLicate REMove) permet de voir qu'au final, chaque banque de données fournit des références uniques.
             
Sur STN, l'élimination des doublons s'effectue en comparant en priorité les éléments du champ “Source” (nom de journal, année de publication, volume..).

            
=> DUP REM L11
             
L12      748          DUP REM L11 (477 DUPLICATES REMOVED)
                            ANSWERS '1-308' FROM FILE MEDLINE            308 références
                            ANSWERS '309-656' FROM FILE HCAPLUS       347 références
                            ANSWERS '657-691' FROM FILE EMBAL              34 références
                            ANSWERS '692-747' FROM FILE EMBASE           55 références
                            ANSWER '748' FROM FILE DDFU                           1 référence

Pour apprécier la pertinence des réponses, quelques références sont visualisées (la première de chaque banque de données en format Kwic (KeyWord In Context).
            
=> D KWIC FROM EACH
            
L12     ANSWER 1 OF 748     MEDLINE on STN      DUPLICATE 2
SO     The Journal of biological chemistry, (2009 Feb 20) Vol. 284, No. 8, pp. 5088-96.  
          Electronic Publication:.  .  .
AB      .  .  .  the aggressive behavior, apoptosis resistance, and adverse clinical outcome of 
          glioblastoma multiforme. Furthermore, the inhibition of the PI3K/Akt pathway and 
          the.  .  .  have been found functional to the activity of many cytotoxic treatments
          against glioma cell lines and glioblastomas as well.  .  .  

            
L12     ANSWER 309 OF 748  HCAPLUS  COPYRIGHT 2009 ACS on STN DUPLICATE 
           126
PI        WO 2009029054 A1  20090305
DT      Patent
AB      .  .  .  may be used in screening for effective drugs for cancer treatment.  Cancer 
           may be selected from bone cancer, bladder cancer, brain.  .  .  lung cancer, stomach 
           cancer, testicular cancer, thymus cancer, thyroid cancer, astrocytoma, glioblastoma
           cancer, head cancer, and hepatocarcinoma.  A transgenic zebrafish is provided.  .  .       
             
L12     ANSWER 657 OF 748  EMBAL  COPYRIGHT (c) 2009 Elsevier B.V. DUPLICATE 1
TI        Inhibiting PI-3-K for glioma therapy.
SO      Cell Cycle, (1 Feb 2009) Volume 8, Number 3, pp. 335. ISSN: 1538-4101  E-ISSN:  
           1551-4005
            
L12     ANSWER 692 OF 748  EMBASE COPYRIGHT (c) 2009 Elsevier B.V. All rights 
           reserved on STN                                    DUPLICATE 112 
SO     Journal of Neuro-Oncology, (2009) Vol. 91, No. 2, pp. 221-225. ISSN: 0167-594X  
           E-ISSN: 1573-7373  CODEN: JNODD2
CT      Medical Descriptors:           
           adult
           article
           brain .  .  .  dose reduction
           female
           *glioblastoma: DI, diagnosis
           *glioblastoma: DT, drug therapy
           *glioblastoma: RT, radiotherapy
           *glioblastoma: SU, surgery
            
L12     ANSWER 748 OF 748  DDFU  COPYRIGHT 2009 THOMSON REUTERS on 
           STN
PY      2009
AB      .  .  .  was not as strong when compared with cisplatin (Sigma-Chem.).
           SG treatment resulted in the activation of caspase-3 and -9 and increase.
            .  .  effects toward HEC-1 (endometrial adenocarcinoma), HOC-21 (ovarian  serous 
           cystadenocarcinoma),
            U251SP (glioma) (14), MM-1CB (melanoma) .  .  .
             
Le profil multifichier est implanté. Les références générées par l'alerte seront  automatiquement dédoublonnées (elles sont conservées durant un an).
            
=> ALERT MFILE L11



François Libmann
Publié dans le n° 260-261 de Bases (Mai-Juin 2009)

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