BibliMed : une alternative intuitive et efficace à pubMed


Depuis la mise en ligne de PubMed, l’interface gratuite de Medline, par la National Library of Medicine en 1996, l’information biomédicale n’a jamais été aussi accessible pour les chercheurs et professionnels de Santé.
La mise à disposition de cette première base de données sur le Web a été vécue en effet par les chercheurs comme une libération de l’information biomédicale ; jusqu’alors en effet, ils devaient consulter les bulletins bibliographiques papiers à la bibliothèque universitaire ou, au mieux, les bulletins PASCAL sur cédérom dans leur laboratoire.

Avec près d’un milliard de recherches effectuées sur le site chaque année, PubMed reste à ce jour la « star » des interfaces de bases de données biomédicales, que tous les étudiants en médecine et en sciences de la vie utilisent pour leurs thèses ou mémoires de fin d’études.

Et pourtant, la richesse de la base de données Medline est très largement sous exploitée : d’après l’étude quantitative «A day in the life of PubMed - Analysis of a typical day’s query log», seuls 1,5% des requêtes PubMed tirent profit des termes du thésaurus MeSH de Medline.

Ainsi, in fine, en dépit de la richesse des fonctionnalités offertes, PubMed est trop souvent utilisée «à la Google», au grand désespoir des documentalistes.

Comment expliquer un tel «gâchis» ? Certainement par une trop grande complexité de l’interface PubMed – qui a trop peu évolué au fil des années, ne prenant pas en compte l’évolution récente des pratiques de recherche – et au changement de comportement des utilisateurs lié au Web 2.0.

Cette sous-utilisation des fonctionnalités de recherche dans PubMed est aussi probablement liée à son thésaurus MeSH, dont la maîtrise requiert un minimum de formation.

Pour pallier ces difficultés, de nombreuses interfaces alternatives à PubMed ont vu le jour depuis 1999, et la NLM elle-même a travaillé sur une nouvelle interface (appelée «Semantic Medline») exploitant la richesse d’un moteur sémantique.

Cependant, l’interface de PubMed elle-même n’a été, à ce jour, que très légèrement améliorée et conserve malheureusement la même approche qu’à l’origine.

Peut-on offrir une interface ayant la simplicité d’utilisation de Google et la richesse de PubMed ? C’est le pari audacieux qu’a fait François Boutin, informaticien et enseignant en recherche documentaire biomédicale à l’université Montpellier 1, en développant BibliMed (www.biblimed.fr/), une nouvelle interface de Medline à la fois riche et intuitive, à l’intention de ses étudiants peu à l’aise avec le MeSH et l’interface vieillissante de PubMed.

Biblimed peut être classée parmi les interfaces «alternatives» à PubMed, au même titre que GoPubMed (interface sémantique avec clustering) ou PubGet (interface simplifiée privilégiant un accès immédiat aux fichiers PDF). 

Je renvoie le lecteur à l’article publié dans mon blog en avril 2011 intitulé : «How many Medline platforms on the web? ».

Comment concilier richesse d’interface et simplicité d’utilisation ? L’idée maîtresse de BibliMed est de proposer une interface 2.0 «contextuelle» offrant des informations et filtres pertinents au bon moment. 

Cela évite à l’usager souhaitant mener une recherche avancée de se perdre dans la navigation du thésaurus MeSH ou dans l’exploration d’une liste exhaustive de filtres. Bien au contraire, BibliMed favorise des recherches de qualité à travers une interface «intelligente» épurée. 

On sait que la pertinence des résultats dans une base de données tient essentiellement dans la qualité des filtres. Ce qui a valu à certains de conclure que la surabondance d’information était surtout le fruit de l’échec des filtres dans les moteurs de recherche : «It’s not information overload, it’s filter failure» a dit Clay Shirky. Si un usager peut bénéficier d’un dispositif suffisamment filtrant lorsqu’il consulte une base de données, aussi complexe soit-elle, il ne pourra qu’améliorer son tri des résultats et son apprentissage informationnel.

Ainsi, lors de la saisie de sa requête, l’usager de BibliMed se voit proposer une suggestion de termes MeSH mais aussi des synonymes en français et en anglais. Le choix de termes issus de thésaurus améliore considérablement la qualité de la requête.

Par exemple, si l’on cherche des articles traitant de «cancer des os», plutôt que d’utiliser les expressions «bone cancer», «bone tumor» ou «bone neoplasm», il est fortement conseillé d’utiliser le terme MeSH «Bone Neoplasms [MeSH]» avec lequel les articles ont été indexés. Biblimed va suggérer le meilleur terme MeSH dans le contexte de recherche : ainsi l’utilisateur n’a pas besoin de maîtriser les subtilités des descripteurs et des qualificatifs du thésaurus, ni d’avoir une connaissance approfondie du sujet en question.

BibliMed favorise également une construction itérative des requêtes par la suggestion contextuelle de filtres et de mots-clés. Ainsi, à chaque étape, un nuage de termes MeSH est proposé pour itérer la recherche, afin d’améliorer la pertinence profonde de la requête. Ces termes peuvent être facilement associés à un qualificatif : «therapeutic use», «drug effects», «methods»… Ainsi, après avoir choisi «Bone Neoplasms», il nous est suggéré notamment «Antineoplastic Agents / therapeutic use».

L’inscription gratuite à BibliMed permet l’enregistre-ment rapide des articles : un simple clic sur l’icône d’enregistrement les classe automatiquement par requête dans les favoris, sans qu’il soit utile de préciser une catégorie, ce qui permet un gain de temps considérable.

On retrouve à nouveau l’esprit de BibliMed : simplifier au maximum l’accès à une information de qualité.

L’analyse quantitative, par l’éditeur de la plateforme, de douze mille requêtes BibliMed effectuées durant un an par deux promotions de soixante étudiants en fin d’étude révèle une remarquable qualité de recherche : près de 50% des requêtes comprennent des termes MeSH. On est loin des 1,5% de la moyenne constatée dans PubMed !

Cette interface ravira certainement tous les professionnels de l’informa-tion scientifique, car elle allie la simplicité d’un Google avec l’exigence de requêtes complexes et structurées.


Biblimed peut être interrogée en français (en se basant sur la traduction officielle de l’Inserm) ou en anglais. L’éditeur a, ces derniers mois, effectué un développement très professionnel avec quelques bêta-testeurs et a donc intégré les options indispensables d’export vers les outils de référence (Mendeley, etc.), des enrichissements de liens contextuels vers Amazon ou OCLC, etc.

Présenté pour la première fois lors d’une journée d’étude de l’ADBS en mars 2012 à Lyon, BibliMed a suscité un vif intérêt. Les premiers utilisateurs, professionnels et universitaires, ont souligné la qualité fonctionnelle de l’interface et un design particulièrement réussi.

BibliMed a d’ailleurs récemment été sélectionné par Elsevier en tant qu’application web directe-ment accessible sur la plateforme SciVerse (Scopus, ScienceDirect, etc.), ce qui témoigne d’une reconnais-sance certaine de la jeune interface « frenchie » par le géant de l’édition scientifique, et ce qui présage à coup sûr d’un bel avenir.

BibliMed est en version gratuite à l’adresse : www.biblimed.fr/
*http://scienceintelligence.wordpress.com/2011/04/27/how-many-medline-platforms-on-the-web/



François Libmann
Publié dans le n° 293 de Bases (Mai 2012)

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