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Brèves de veille

Les peer reviews des articles de NATURE sont maintenant disponibles

Francois LIBMANN
Blog du
14 Juillet 2025
217
Tags
science ouverte | littérature scientifique | protocole
Les peer reviews des articles de NATURE sont maintenant ... Image 1
Les peer reviews des articles de NATURE sont maintenant ... Image 1

Nous avons évoqué dans le numéro 434 de BASES (Mars 2025) le développement, pour les articles de recherche scientifique, du » post publication peer review  » c’est à dire la revue par les pairs après publication et non pas avant, comme c’est traditionnellement le cas.

Un des arguments avancés pour justifier cette démarche, qui s’est répandue plutôt rapidement, était le caractère confidentiel et obscur du processus de « peer review ». 
Cet argument vient de tomber, au moins en partie, car l’éditeur Springer Nature vient d’annoncer, qu’après une période concluante de tests qui a duré plusieurs années, tous les articles de 16 publications (voir ci-dessous) éditées par Springer Nature comporteront une annexe reprenant en détail le dialogue entre les reviewers et l’auteur, cette démarche étant appelée « transparent peer review ». On y trouve l’intégralité des questions et des réponses.

Ce sont des documents extrêmement intéressants car les reviewers analysent l’article dans le détail, posent des questions précises et font des remarques pertinentes.
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ChatEurope : un chatbot aux informations vérifiées

Francois LIBMANN
Blog du
04 julliet 2025
404
Tags
intelligence économique | fact checking | veille medias
ChatEurope : un chatbot aux informations vérifiées Image 1
ChatEurope : un chatbot aux informations vérifiées Image 1

Une dizaine de media européens, pilotés par l’Agence France Presse et cofinancés par la Communauté Européenne viennent de lancer ChatEurope.

Cette plateforme a été créée pour répondre à une très grande variété de questions liées à l’Europe posées en langage naturel dans dix langues, les réponses étant fournies en sept langues.

Le contenu est composé de milliers de documents (articles, dépêches, …) provenant des media partenaires à partir desquels le chatbot construit ses réponses.

S’appuyant uniquement sur des contenus validés les réponses peuvent être considérées comme fiables ce qui est un critère important de nos jours.

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Les « zombie papers », ces articles rétractés mais toujours cités

François LIBMANN
Blog du
30 Mai 2025
760
Tags
fake news
Les « zombie papers », ces articles rétractés mais toujours ... Image 1
Les « zombie papers », ces articles rétractés mais toujours ... Image 1

Le blog Retractation Watch existe depuis 2010 et recense plus de 59 000 articles rétractés. Sa notoriété va grandissant d’autant qu’il a récemment été acquis par CrossRef.

La rétractation d’un article peut être due à différentes raisons telles que fabrication de données, manipulation des résultats, plagiat, erreurs méthodologiques, manipulation d’images, manquements éthiques…

On en parle de plus en plus, car on est dans la problématique plus générale de fake news, sujet très « tendance ».

Un problème majeur réside dans le fait que le retrait d'un article n'empêche pas celui-ci de continuer à être cité, ce qui contribue à la diffusion de résultats erronés, fausse les résultats des méta-analyses et peut également avoir un impact négatif sur les politiques publiques ou la pratique clinique.

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SLA : la disparition annoncée d’un pilier américain de l’information

Francois LIBMANN
Blog du
16 mai 2025
781
SLA : la disparition annoncée d’un pilier américain de ... Image 1
SLA : la disparition annoncée d’un pilier américain de ... Image 1

La Special Libraries association (SLA), a annoncé avoir entamé sa dissolution dont le processus prendra fin en avril 2026. Cette démarche a pour but d’éviter une faillite pure et simple, en gardant le contrôle des opérations.

C’est une perte très significative pour les professionnels nord-américains de l’information, tant cette association avait un rôle central. C'est aussi un symbole qui va disparaître pour la profession toute entière dans le monde de l'information.

La SLA a été créée aux États-Unis en 1909 et ne compte plus aujourd’hui qu’un peu plus de 1 000 membres dont certains non-américains. Nous avons pu retrouver que le nombre de membres avait même dépassé les 14.000 en 1993-94.

Cette dissolution est due à plusieurs facteurs d’après l’association elle-même  :

  • la baisse continue du nombre d’adhérents, particulièrement au cours de cette dernière décennie
  • plus généralement la baisse du nombre de centres de documentation à partir des années 2000
  • la découverte de l’existence de problèmes mal pris en compte sur les retraites d’anciens salariés et un paiement non provisionné à un fournisseur de données
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Pour la première fois, un article écrit par une IA franchit avec succès l'étape de l'évaluation par les pairs (« peer review »)

François LIBMANN
Blog du
04 Avril 2025
1616
Pour la première fois, un article écrit par une IA franchit ... Image 1
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SAKANA AI, une start up japonaise fondée par deux anciens chercheurs de Google,  a développé l’outil AI scientist est capable d’écrire des articles de recherche d’une qualité suffisante pour être acceptée par une revue par les pairs (peer review).

Certes, sur les trois articles qui avaient été soumis, un seul a obtenu une évaluation suffisante. Mais cela est considéré comme un grand succès, car, d’après la société, c’est la première fois que cela arrive. Les chercheurs ont l’honnêteté de préciser que le jury auquel avaient été présentés les trois articles parmi 43 savait que certains articles pouvaient avoir été écrits par une IA.

Lire aussi : Une nouvelle forme de Peer Review se développe rapidement

Ces trois articles ont été générés de bout en bout par l'IA, sans aucune intervention humaine. L'IA Scientist-v2 a développé une hypothèse scientifique, conçu des expériences pour la valider, rédigé et perfectionné le code pour les exécuter, analysé les données et les a présentées sous forme de chiffres. Elle a également rédigé l'ensemble du manuscrit scientifique, du titre à la référence finale, en incluant la mise en place des figures et l'intégralité du formatage.

L’outil AI Scientist a été entrainé dans trois sous-domaines du « machine learning ». 

Les chercheurs de SAKANA AI ont  fusionné différents modèles de fondation plutôt que de partir de zéro et la nouveauté réside dans l’algorithme créé, qui s’inspire de la nature,  pour automatiser le processus.

On peut sans trop de risque faire l’hypothèse que ce premier succès risque de générer de profonds changements dans le monde de la publication scientifique.

The AI Scientist Generates its First Peer-Reviewed Scientific Publication

The AI Scientist: Towards Fully Automated Open-Ended Scientific Discovery, LIU et al 2024

Quels sont les champions des articles retractés ?

Francois LIBMANN
Blog du
28 Février 2025
1465
Quels sont les champions des articles retractés ? Image 1
Quels sont les champions des articles retractés ? Image 1

On parle de plus en plus du problème des articles (scientifiques) rétractés.

Plusieurs raisons peuvent conduire à la rétractation d’un article :  

. Mauvaise conduite scientifique telle qu'invention ou falsification de données

. Plagiat ou auto-plagiat

. Erreurs non intentionnelles, par exemple biais expérimentaux ou erreurs statistiques

. Problème d’éthique par exemple concernant le bien-être animal

. Article soumis à plusieurs revues ou morcellement d’une étude en multiples articles

. Utilisation de textes ou d’images protégées

. Article issu d’une « paper mill »(entreprises vendant des articles fictifs ou plagiés)

Comme on le voit, les raisons ne manquent pas.

Si le phénomène est choquant avec 40 000 articles rétractés pendant les dix dernières années, il faut cependant rapporter ce chiffre au 50 millions d’articles publiés durant cette période, ce qui représente moins de 0,1% même si ce chiffre est sûrement sous-évalué. 

Comme on peut s’en douter il y a des champions  tels que la Chine d’où sont issus près de 60% des articles rétractés. Ce sont les petits hôpitaux ou les universités dans le domaine médical qui se distinguent particulièrement.

En dehors de la Chine, d’autres champions sont la Ghazi University au Pakistan, la Addis Ababa University en Ethiopie l’Institute of Engineering and Technology à Coimbatore en Inde. La King Saud University à RiYadh en Arabie Saoudite est également bien placée. 

On trouvera des informations beaucoup plus détaillées dans l’excellent article de Nature « These universities have the most retracted scientific articles » du 20 février 2025 Vol 638 pp 596-599.

L’éditeur Wiley a étudié l’utilisation de l’IA par les chercheurs

Francois LIBMANN
Blog du
21 Février 2025
1504
L’éditeur Wiley a étudié l’utilisation de l’IA par les ... Image 1
L’éditeur Wiley a étudié l’utilisation de l’IA par les ... Image 1

Wiley a récemment mené une étude auprès de près de 5 000 chercheurs sur leurs utilisations actuelles de l’IA et la probabilité de leurs futures utilisations.

Le questionnaire a porté sur 43 cas d’utilisations spécifiques de l’IA dans l’ensemble du processus de recherche.

Les principaux résultats sont les suivants :

  • Les utilisations actuelles de l’IA sont limitées à quelques tâches, mais les chercheurs attendent une extension rapide de son utilisation tout au long du processus de recherche 
  • Les chercheurs sont très intéressés par l’IA, et une majorité estime que l’IA surpasse actuellement les humains pour plus de la moitié des 43 cas d’utilisation
  • La Chine et l’Allemagne sont en tête en matière d’utilisation de l’IA
  • Plus de 60 % des chercheurs considèrent que le manque de directives et de formation est un obstacle à l’augmentation de leur utilisation de l’IA
  • Ce sont les domaines de l’informatique et de la médecine dans lesquels les chercheurs souhaitent le plus être des « adopteurs précoces » de l’IA ; c’est l’inverse, dans le domaine des sciences de la vie.

À la suite de cette étude, Wiley élabore des directives à destination des auteurs pour une utilisation efficace et responsable de l’IA.

Le rapport est disponible sur ce site. 

Les articles rétractés sont très peu signalés dans les archives ouvertes

Francois Libmann
Blog du
31 Janvier 2025
1872
Les articles rétractés sont très peu signalés dans les ... Image 1
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Les archives ouvertes ont été créées pour améliorer la visibilité des articles académiques et en faciliter l’accès. Elles s’inscrivent dans les idéaux de la science ouverte promouvant la transparence et l’accessibilité.

Les auteurs d’un article cité par LaLIST, la newsletter quotidienne de l’INIST, ont découvert que la rétractation des articles était fort peu signalée dans les archives ouvertes.

Ils sont partis d’une liste de 24 430 articles publiés entre 2013 et 2023 ayant fait l’objet d’une rétractation ou d’une correction. Ils les ont identifiés en cherchant tous les articles dont il est fait mention dans Retractation Watch ayant un DOI (Digital Object Identifier) mais pas nécessairement en open access.

Sur les 24 430 articles, ils en ont trouvé 7 560 ayant au moins une présence dans une des 369 archives ouvertes qu’explorées grâce à Unpaywall.

Afin de pouvoir effectuer une évaluation manuelle, faute d’outils pour le faire automatiquement, ils ont choisi HAL l’archive ouverte gérée par le CCSD (Centre pour la Communication Scientifique Directe) sous la triple tutelle du CNRS, de l’INRIA et de l’INRAE. C’est, en taille, le deuxième après un site de la NASA.

Le résultat est brutal.

En effet, sur les 141 articles identifiés dans HAL, 128, soit 91%, n’ont fait aucune mention d’une rétractation ou d’une correction.

Référence de l’article :

Bordignon, F. (2025), Moving Open Repositories out of the Blind Spot of Initiatives to Correct the Scholarly Record. Learned Publishing, 38: e1655.

L’éditeur universitaire SAGE investit pour s’assurer de l’intégrité de la recherche

Francois Libmann
Blog du
24 Janvier 2025
1284
L’éditeur universitaire SAGE investit pour s’assurer de ... Image 1
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SAGE annonce avoir adopté l’outil Dimensions Author Check qui permet une vérification de l’intégrité de la recherche qu’il publie. Cet outil examine les historiques de publications des auteurs et leurs réseaux afin de repérer toute activité inhabituelle comme les rétractations.

Il vérifie aussi s’il existe d’éventuelles collaborations avec des « paper mills (« moulins à papier ») ainsi que l’existence dans les articles de phrases « torturées ».

Ces phrases torturées ont pour objectif de tromper les logiciels anti-plagiat.

Par exemple, en français, une insuffisance rénale devient ainsi une déception du rein (ou rénale), l’intelligence artificielle une conscience contrefaite ou, enfin, un acide nucléique un corrosif nucléique.

Bien entendu, l’équivalent existe en anglais. Comme on le voit, la réaction s’organise face à la fausse science.

Quand la course à la publication menace la qualité scientifique : le cas Hindawi et la rétractation record de 2022

François Libmann
Blog du
31 Decembre 2024
1682
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Dans un texte récent « Mesures et démesures de la publication scientifique », le mouvement « Ouvrir la science » attire l’attention sur l’augmentation très rapide , voire exponentielle, du nombre d’articles scientifiques publiés. Elle considère qu’elle n’est plus compatible avec le maintien de la qualité scientifique et la confiance dans les résultats obtenus par le minutieux travail de la relecture par les pairs. 

Si les éditeurs « classiques » augmentent leur catalogue dans des proportions « raisonnables », ce billet cite trois éditeurs qui sont Frontiers, MDPI et Hindawi en remarquant la très forte croissance du nombre d’articles qu’ils publient. Cette forte croissance est liée, en particulier, à la publication de numéros spéciaux, notamment en 2022.

Retractation Watch signale, pour sa part, que Hindawi a retracté plus de 8 000 articles rien que pour l'année 2022, ce qui semble constituer un record. Wiley qui avait racheté cet éditeur en 2021 a décidé de ne plus utiliser la marque Hindawi et de ne garder que les quelques revues « irréprochables » de cet éditeur.

On notera que les auteurs des 8 000 articles retractés n’ont à peu près aucune chance de récupérer l’APC (article processing charge) qu’ils ont payé pour la publication de leur article.
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